Maria Stuart, dronning af Skotland fortæller historien om den karismatiske Maria Stuarts dramatiske liv. Maria blev dronning af Frankrig som 16-årig, enke som 18-årig og modstod presset for at gifte sig igen. Hun valgte i stedet at vende tilbage til Skotland for at gøre krav på tronen. Men Skotland og England regeres af den forstandige Elizabeth 1. De to unge dronninger betragter hinanden med frygt og fascination. Maria og Elizabeth er kvindelige regenter i en verden styret af mænd og de afvejer ægteskabstilbud mod deres egen uafhængighed. Maria er fast besluttet på at regere som mere end galionsfigur og hun hævder sit ret til den engelske trone og truer dermed Elizabeths suverænitet. Forræderi, oprør og sammensværgelser i de to kongelige hoffer truer begge troner og ændrer historiens gang.