Runner følger Hank Malone, en eksklusiv kurér, der har tre timer til at transportere et organ, som skal redde en syvårig pige, der har brug for en øjeblikkelig transplantation. Den tilsyneladende simple mission bliver dødbringende, da lederen af et berygtet forbrydersyndikat er fast besluttet på at stjæle organet. Med på turen er Ben Bishop, den medicinske kurér, som Hank modvilligt er tvunget til at transportere og beskytte.